Hơn 4.000 loài cá sống tại các rạn san hô hoặc cá chuyên sống trong rạn san hô trên tổng số gần 7.000 loài cá sinh sống tại vùng biển này[4] nhiều loài có giá trị kinh tế cao, chẳng hạn như các loài cá mú, cá hồng, cá hè, cá trích, cá cơm…[5] trong đó có tổng số 2.631 loài cá rạn san hô được mô tả rạn san hô Đông Ấn.[6][7] Các rạn san hô là nơi trú ngụ của nhiều loài cá nhiệt đới hoặc cá chuyên sống trong rạn san hô, chẳng hạn như các loài cá bướm (Chaetodontidae), cá thia (Pomacentridae), cá bướm đuôi gai (Pomacanthidae), cá mó (Scaridae) nhiều màu sắc. Ngoài ra còn có các nhóm cá khác như cá mú (Epinephelinae), cá hồng (Lutjanidae), Haemulidae và cá bàng chài (Labridae).

Ở khu vực Đông Ấn bao gồm Vùng Tam giác san hô (Indonesia, Philippines, Malaysia, Đông Timor, Papua New Guinea và quần đảo Solomon), biển Đông, biển Andaman (Thailand, Myanmar và quần đảo Andaman, Ấn Độ) và đảo Christmas của Ấn Độ Dương đã có tổng số 2.631 loài cá rạn san hô được mô tả trong bộ sách "Các loài cá rạn san hô khu vực Đông Ấn" có 25 loài mới đối với giới khoa học với khoảng 3.600 bức ảnh màu đặc sắc, trong đó khoảng 40% ảnh chưa từng được công bố trước đây[8], các loài mới được phát hiện như Pseudanthias mica, Pteropsaron longipinnis, Aspasmichthys alorensis (vùng biển Indonesia), Lepidichthys akiko (ngoài khơi bờ biển phía tây New Guinea), cá bống Tryssogobius sarah (sống tại độ sâu khoảng 40m-70m), Pteroidichthys amboinensis, Cá ếch Antennarius commersoni, cá chình, cá bơn...

Chỉ tính riêng ở Việt Nam đã có 635 loài cá sống ở rạn san hô với 62 họ, trong đó có bốn họ đông nhất: họ cá thia Pomacentridae với 91 loài, họ cá bàng chài Labridae với 72 loài, họ cá bướm Chaetodontidae với 49 loài và họ cá mó Scaridae với 41 loài. Riêng vùng biển Nha Trang có 398 loài. Hai khu vực tập trung nhiều loài cá nhờ rạn san hô còn nguyên trạng là Hòn Mun và Hòn Gốm, ở Quần đảo Trường Sa, 219 loài thuộc 44 họ, trong đó có 159 loài đặc hữu. Cũng qua nghiên cứu cho thấy các loài cá quý hiếm như: cá mao tiên, cá bàng chài, cá hóa chuột, cá thia được ưa chuộng ở các nước Philippines, Indonesia, Úc.[4]